Poté, co byly 3. března 1992 vyhlášeny výsledky referenda, v němž se drtivá většina voličů vyslovila pro nezávislost Bosny a Hercegoviny, vypukla v zemi občanská válka.
Bývala jugoslávská svazová republika, obývaná katolickými Chorvaty, pravoslavnými Srby a islám vyznávajícími Bosňáky, doplatila na nenaplněné mocenské ambice, ale také na letité a dlouhodobě neřešené spory mezi národnostmi.
Bosenští Srbové, kteří hlasování v referendu bojkotovali, už předtím vyhlásili vlastní stát - Republiku srbskou v Bosně a Hercegovině - a s podporou Bělehradu postupně ovládli dvě třetiny země.
Podobně i bosenští Chorvaté vyhlásili vlastní Chorvatskou republiku Herceg-Bosna, podporovanou Záhřebem.
Etnicky motivovaná občanská válka se vyznačovala krutostmi na civilním obyvatelstvu, jimž se nevyhýbala žádná ze stran. Symbolem se stal masakr ve Srebrenici, kde jednotky bosenských Srbů v létě 1995 povraždily na 8000 Muslimů.
Válku, která si vyžádala přes 100 tisíc mrtvých, ukončila Daytonská mírová dohoda uzavřená v listopadu 1995. Na jejím základě byl z Bosny vytvořen útvar skládající se z muslimsko-chorvatské Federace Bosny a Hercegoviny a Republiky srbské. I šestnáct let po konci války ale zůstává země uvnitř rozdělena.
