Zlínská Filharmonie Bohuslava Martinů, která odehrála první koncert 30. dubna 1946, vznikla původně jako poloprofesionální soubor pod jménem Zlínský symfonický orchestr Národního podniku Baťa. Jeho členové se poprvé sešli teprve počátkem dubna 1946 a aby mohli premiérové vystoupení vůbec odehrát, musely 34 zlínským hudebníků přijet na výpomoc tři desítky kolegů z Brna.
Úspěšný koncert, který měl na programu výběr ze Slovanských tanců Antonína Dvořáka, předehru k Prodané nevěstě Bedřicha Smetany a orchestrální skladbu V podvečer od Zdeňka Fibicha, tehdy dokonce zaznamenala filmová kamera.
Během následujících let vystřídala zlínská (v letech 1949 až 1989 gottwaldovská) filharmonie několik názvů i působišť. V letech 1948 až 1966 se orchestr jmenoval Filharmonie pracujících, poté až do roku 1989 Státní symfonický orchestr v Gottwaldově, po listopadu 1989 pak přijal současný název. První koncerty odehrál v sále zlínského Velkého kina, v roce 1955 se pak filharmonie na více než půl století přestěhovala do Domu umění - tedy upraveného Památníku Tomáše Bati. Od roku 2010 sídlí pak Filharmonie Bohuslava Martinů v novém Kongresovém centru Zlín, které navrhla zlínská rodačka Eva Jiřičná.
Zlínská filharmonie během let nejen pořádala koncerty, ale téměř od počátku se zapojila i do vzdělávání, už v roce 1949 uspořádala první populárně-vzdělávací vystoupení. Od začátku 50. let pak organizuje pořady pro základní i střední školy, od roku 1972 pořádá mezinárodní festival mladých koncertních umělců Talentinum, organizuje i podzimní festival duchovní hudby Harmonia Moraviae a podílí se na Mezinárodních dirigentských kurzech. Během let se v jejím čele vystřídala celá řada dirigentů. Například v posledních dvou dekádách zanechal ve Zlíně výraznou stopu Jakub Hrůša, budoucí šéfdirigent České filharmonie, která zlínský orchestr řídil mezi roky 2005 až 2008.
