Zoologická zahrada v Brně měla svého předchůdce ve Spolku pro zřízení zoo, založeném před 80 lety, 24. listopadu 1935. O dva roky později spolek otevřel v Tyršově sadu v Kounicově ulici první zookoutek, který však byl v roce 1941 z rozhodnutí protektorátních úřadů zlikvidován. Nynější zoo tak mohla vzniknout až po druhé světové válce.
Tehdy se obnovený spolek dohodl s Masarykovou univerzitou, že na jejích pozemcích, zabavených augustiniánskému klášteru, zřídí botanickou i zoologickou zahradu. Té později připadla celá Mniší hora.
Zakládací listinu vydal tehdejší krajský národní výbor v květnu 1950. Následovaly tři roky intenzívní práce na přeměně Mniší hory v zoologickou zahradu, která byla otevřena na konci srpna 1953: "V den otevření chyběly pokladny a vstupné se vybíralo do klobouku. Podle pamětníků sídlili první medvědi v maringotkách pana Kludského," uvedl mluvčí zahrady Petr Urbánek.
Pro město to ale byla náramná sláva. Lidé chtěli vidět novou atrakci a jen do konce roku přišlo téměř 35 tisíc návštěvníků. Podmínky však byly zpočátku velmi skromné, pro kanceláře se například využívaly místnosti staré hájenky, jež byla tehdy jedinou stavbou v areálu.
První sbírka zvířat se skládala z 51 druhů savců a ptáků hlavně domácího původu. Ještě v roce 1953 ale zoo získala opravdový magnet pro návštěvníky - párek lvů.
V prvních letech zahrada nabízela pouze výběhy a voliéry. První pavilón, vivárium s nádržemi pro ryby, plazy a obojživelníky, byl otevřen v roce 1956. Medvědinec přibyl v roce 1959, pavilóny opic byly otevřeny v letech 1964 a 1965.
V 70. letech se zoo rozšířila o výběh pro tygry, bazén pro lachtany, pavilón exotických plazů či restauraci s terasou, v dalším desetiletí přibyly například stáje a výběhy pro africkou zvěř, ale i vzdělávací a informační středisko a nové pokladny.
A postupně si zoo připisovala chovatelské úspěchy. Mezi ty největší patří první odchov mláděte medvěda ledního v Československu v roce 1976 či první odchov šimpanze v roce 1967.
V roce 1969 byla otevřena i Stálá akvarijní výstava v centru Brna na Radnické ulici, která je součástí zahrady.
V devadesátých letech se zahrada potýkala s existenčními problémy i častými změnami vedení. Později se situace zlepšila a vznikla řada nových atraktivních míst.
Patří k nim Tygří skály (výběhy a ubikace tygrů a levhartů s umělými skalami, vodopády, potoky a jezírky), expozice severské zvířeny Beringia (výběh pro vlky arktické a bobří doupě), výběh koní Převalského s mongolskou jurtou či dětská zoo a restaurace U tygra. A také Tropické království.
Dnes zahrada každoročně přiláká kolem čtvrt milionu návštěvníků. Výjimečný byl rok 2008 s "medvídkománií," když lední medvědice Cora porodila dvojčata Billa a Toma, za kterými dorazilo rekordních 320 tisíc návštěvníků.
Mezi vzácné exempláře zahrady se řadí také želvy egyptské či kočky pouštní. Brněnským chovatelům se podařilo odchovat mládě velmi vzácného asijského osla kianga.
Zahrada s rozlohou 65 hektarů nyní chová víc jak 1600 jedinců a přes 350 druhů druhů obojživelníků, plazů, ptáků a savců všech světadílů kromě Antarktidy. Pracuje v ní 89 zaměstnanců a řada návštěvníků přispívá na její chod adopcemi. Ve vedení zahrady se dosud vystřídalo 12 ředitelů, od roku 1997 ji řídí Martin Hovorka.
Největší pozornost v neděli na Mniší hoře budí další dvojčata ledního medvěda - Kometa a Nanuk.