Nedostatek míst k hnízdění negativně ovlivňuje vývoj populace samotářské včely. Patří mezi nejohroženější skupiny živočichů v České republice. Samotářské včely vzhledem ke krátkému doletu potřebují hnízdit v bezprostřední blízkosti kvetoucích luk. V Jihočeském kraji je několik pískoven, kde se vyskytují samotářské včely ve větší míře.
Samotářské včely na rozdíl od těch medonosných nežijí v úlech. Vyhledávají si hnízda v různých škvírách a dutinách nebo si vyhrabávají nory v hlíně a písku. V Jihočeském kraji se ve větší míře vyskytují především v pískovnách Lžín na Táborsku, u Dračice poblíž Rapšachu na Jindřichohradecku nebo Cep II u Třeboně na Jindřichohradecku. "Vyskytují se zde unikátní druhy," řekl Jiří Řehounek který se v českobudějovické organizaci Calla věnuje ochraně hmyzu. Dodal, že v Česku stále žijí stovky druhů včel samotářských, ale desítky jich už vyhynuly.
Některé druhy samotářských včel vyhledávají brzy kvetoucí rostliny jako třeba vrby. Jiné zase vylétávají ze svých kukel až v červnu. Samotářské včely jsou často vázány pouze na jeden nebo několik málo druhů kvetoucích rostlin. "Pro jejich přežití je tedy klíčová přítomnost živných rostlin i vhodného stanoviště k hnízdění v jejich okolí. Menší druhy umí za potravou létat jen desítky metrů," řekl biolog z Univerzity Karlovy v Praze Petr Heneberg.
Podle Řehounka mohou zázemí pro samotářské včely uměle připravit i lidé. Stačí k tomu, když například vyvrtají díry do dřeva, zastřeší jej a takto upravené hnízdo umístí poblíž kvetoucí louky. "Na samotářské včely je vázaná celá řada dalších, často vzácných a ohrožených druhů. Zejména jde o parazitické zlatěnky, kodulky a drvenky, anebo takzvané kukaččí včely," řekl odborník na včely a jim příbuzný hmyz z Univerzity Hradec Králové Petr Bogusch.
