Většina přírodních koupališť v České republice má vodu vhodnou ke koupání. Existují ale výjimky. Například v rybníku Kachlička na Havlíčkobrodsku a v Pilské nádrži ve Žďáru nad Sázavou platí kvůli sinicím a chlorofylu zákaz koupání. Na několika dalších přírodních koupalištích není podle hygieniků voda pro koupání vhodná. Platí to třeba pro vodní nádrž Plumlov nedaleko Prostějova, kde jsou problémy každoročně.
V osmihektarovém rybníku Kachlička platí zákaz koupání od 3. července. U Pilské nádrže je kvůli sinicím zakázané od 26. června. Na Vysočině by se lidé měli vyhnout i nádrži Sedlice na Pelhřimovsku. V její vodě teplé jen přes 17 stupňů Celsia je hodně sinic a vodního květu, který vzniká přemnožením mikroorganismů. Nevhodná je zejména pro děti, těhotné ženy, alergiky a lidi s oslabenou imunitou.
Stupněm čtyři na pětibodové škále označují hygienici i nádrž Plumlov. Kvalita vody se v ní výrazně zhoršila už před začátkem prázdnin. Laboratorní výsledky prokázaly nadlimitní výskyt sinic a chlorofylu-a. V uplynulém měsíci ale byla stále na stupni tři, čtvrtého stupně dosáhla až na základě výsledků rozborů tento týden.
Na třetím stupni hodnocení kvality vody jsou třeba Máchovo a Hamerské jezero na Českolipsku. U obou jsou důvodem přemnožené sinice, které jsou problémem třeba i v nádrži Kacabaja na Novojičínsku, ale také v rybníku Bohušov a Edrovice na Bruntálsku. V nádrži Kacabaja navíc hrozí nákaza cerkáriovou dermatitidou, což je parazitární onemocnění, které se u člověka projevuje tvorbou skvrn, puchýřků a zarudnutím kůže. Je doprovázené intenzivním svěděním.
Třetí stupeň zůstává i v koupališti Vyžlovka u Prahy, v rakovnickém Tyršově koupališti a v písníku Bakov nad Jizerou. Hygienici ho vyhlásili také na laguně 1 v horní nádrži Nové Mlýny na Břeclavsku. Koupání tam může být rizikové třeba pro děti, těhotné ženy nebo alergiky. V laguně 2 platí druhý stupeň, po koupání by tak neměly nastat zdravotní potíže.
U kvality vody hraje podle hygieniků roli počasí. Vlivem horka se mohou množit sinice, ale také může být sucho, čímž se sníží průtok vody. Může se tak stát, že se kvalita vody v přírodním koupališti natolik zhorší, že hygienici koupání zakážou.
