Vrcholní představitelé justice se diametrálně rozcházejí v názoru na institut prezidentských milostí. Předseda Ústavního soudu Pavel Rychetský uvedl na semináři ve sněmovně, že demokratický stát institut milosti potřebuje i přes možná rizika zneužití této pravomoci. Předseda Nejvyššího správního soudu Josef Baxa naproti tomu míní, že milost je záležitostí historie a "nebezpečným koktejlem, který prezidenty svádí k požití, nebo nepožití".
Rychetský řekl, že institut milosti považuje za důležitý. "Přes možná rizika zneužití je to institut, který demokratický právní stát přes jeho archaické monarchistické kořeny potřebuje, byť především pro situace, které nejsou v období harmonie a fungování právního státu, ale které kdykoliv hrozí," prohlásil. Mezi argumenty pro zachování milosti zmínil dlouhodobou tradici institutu a humanitární důvody.
Podle Baxy se milost stále častěji používá jako politický nástroj, a také s sebou nese všechny charakteristiky politických nástrojů včetně pocitů křivdy, marnosti a svévole. "Kdyby se dělala nová ústava, mohli bychom na individuální milost zcela zapomenout a ponechat ji historii. Nemáme trest smrti, nemáme monarchii. Máme nezávislé soudy, spravedlivý proces, rovnost před zákonem, právo na obhajobu," uvedl. Padání na kolena a volání "pane, smiluj se" by lidé sto let od rozpadu monarchie měli podle něj sledovat spíše v historických filmech než v současné právní praxi.
"Správné nástroje k tomu, aby zákon nedopadl na nevinného nebo nepřiměřeně tvrdě, jsou opravné prostředky. Jestli nejsou dostatečné, diskutujme o jejich zlepšení," dodal předseda Nejvyššího správního soudu.
"Milost může být i politickým nástrojem."
Podobně se vyjádřil předseda trestního kolegia Nejvyššího soudu František Púry, podle něhož trestní předpisy obsahují celou řadu možností, jak tvrdosti zákona odstraňovat. Institut milosti by měl být využíván velmi uvážlivě, aby nebyl zneužíván, řekl.
Ústavní právník Jan Kysela řekl, že milost může být nejen prostředkem k odstranění tvrdosti zákona, ale také politickým nástrojem. Pod druhou z možností podřadil nedávné omilostnění Jiřího Kajínka. "Je to forma komunikace s voliči," uvedl k rozhodnutí prezidenta Miloše Zemana.
Zemanovi porevoluční předchůdci na Václav Havel a Václav Klaus udělili mezi lety 1993 a 2013 celkem 1659 milostí, zhruba tři čtvrtiny připadly na Havlovo úřadování. Zeman v roce 2013 převedl agendu milostí na ministerstvo spravedlnosti, které Hradu postupuje jen žádosti splňující přísná kritéria nastavená prezidentem. Jde o vážný zdravotní stav odsouzeného, zajištěné rodinné zázemí a nespáchání závažného trestného činu. Náměstek ministra Petr Jäger zrekapituloval, že v letech 2013 až 2016 přišlo úřadu 2459 žádostí o milost, přičemž ministerstvo mohlo předat Hradu 11 z nich. Zeman do 22. června udělil milostí osm, z toho však tři bez toho, že by mu je ministerstvo postoupilo.